После анализа взлома сайта потребовалось выставить для всех файлов и папок определенную дату и время, выполняем:

cd /var/www/
find ./ -type f -exec touch -t 201611211300 {} + 
find ./ -type d -exec touch -t 201611211300 {} +

Получаем дату модификации 2016г. 21 ноября 13-00